El cuadro también contiene un simbolismo sexual complejo, que habría sido muy claro para el educado público en la época de Caravaggio: el hombro desnudo y la rosa detrás de la oreja del niño indican excesiva vanidad y un deseo de ser visto y admirado, las cerezas simbolizan el deseo sexual, el tercer dedo tenía el mismo significado en el siglo XVII como lo hace hoy, y el lagarto era una metáfora para el pene. El niño se da cuenta, con un shock, de los dolores del amor físico.
Como con todas las primeras producciones de Caravaggio, aún queda mucho por conjeturar. El niño puede ser Mario Minniti, el compañero de Caravaggio y su modelo para varios otros cuadros de la época - el cardado oscuro de pelo rizado y los labios fruncidos tienen aspecto similar en esos otros cuadros, pero en obras como el “Niño con un cesto de frutas” y “La Buenaventura” Mario no parece tan afeminado.
Las críticas por la insistencia de Caravaggio en pinturas sólo de la vida podría más tarde señalar una limitación de su método: ello le permitía unas composiciones realistas estáticas maravillosas (incluso teatrales), pero no en las escenas con movimiento o violentas. Sería sólo en su último periodo, cuando parece que trabajó más con la imaginación, y Caravaggio pudo superar completamente este problema. No obstante, “El Niño Mordido por una lagartija” es un trabajo importante en la obra temprana del artista, precisamente porque muestra una forma de salir de la quietud de sus obras tempranas.